Com o auxílio de um scanner especialmente desenvolvido para o sistema Invisalign, o dentista obtem imagem em 3D da sua estrutura dentária. De posse do plano digital elaborado com auxílio do software, passa-se então à etapa de confecção das moldeiras (alinhadores transparentes) que se adaptam precisamente à boca.
À medida que o alinhador é usado, os dentes se movimentam para a posição seguinte, dessa forma, a troca gradativa de alinhadores gera os movimentos esperados até a correção desejada.